ریاست این پژوهشکده از بدو تأسیس بر عهده دکتر علی‌اکبر حقدوست بوده است. البته با توجه به مسئولیت‌های مدیریتی ایشان در بین سال‌های ۱۳۹۲ تا ۱۳۹۸، آقایان دکتر حسین صافی‌زاده (۱۳۹۳-۱۳۹۲)، دکتر رضا دهنویه (۱۳۹۸-۱۳۹۳)، دکتر رضا بانشی (۱۳۹۹-۱۳۹۸) و دکتر کامبیز بهاءالدینبیگی (۱۴۰۰-۱۳۹۹) در مدیریت مجموعه نقش بسیار پررنگی داشتند.
خط سیر تصدی قائم مقامی پژوهشکده آینده پژوهی
همچنین در این مدت آقایان دکتر محمد رشیدی (۱۳۹۲-۱۳۹۴)، دکتر حمید شریفی (۱۳۹۲-۱۳۹۵)، دکتر وحید یزدی فیض‌آبادی (۱۳۹۶-۱۳۹۷)، دکتر محمدرضا بانشی (۱۳۹۸) و دکتر محمدحسین مهرالحسنی (از ۱۳۹۸ تا کنون) عهده‌دار سمت معاونت علمی پژوهشکده آینده‌پژوهی بوده‌اند.
خط سیر تصدی سِمَت معاونت علمی پژوهشکده آینده پژوهی از بدو تأسیس تا کنون
مراکز تحقیقاتی زیرمجموعه پژوهشکده
این پژوهشکده در ابتدا با سه مرکز تحقیقاتی (مرکز تحقیقات مدلسازی در سلامت، مرکز مدیریت ارائه خدمات سلامت و مرکز مراقبت اچ‌آی‌وی و عفونت‌های آمیزشی) فعالیت‌های خود را شروع نمود.
اما هم‌اکنون شامل هفت مرکز تحقیقاتی به شرح ذیل می‌باشد:
۱. مرکز تحقیقات مراقبت اچ‌آی‌وی و عفونت‌های آمیزشی (تأسیس: ۱۳۸۷ شمسی)
این مرکز از سال ۱۳۹۱ به‌عنوان مرکز همکار سازمان جهانی بهداشت در زمینه مراقبت اچ‌آی‌وی در منطقه مدیترانه شرقی فعالیت می‌کند.
از بدو تأسیس تا کنون آقایان دکتر علی‌اکبر حقدوست (۱۳۹۶-۱۳۸۷) و دکتر حمید شریفی ( ۱۳۹۶ تا کنون) ریاست این مرکز را برعهده داشته‌اند.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات مراقبت اچ‌آی‌وی و عفونت‌های آمیزشی از بدو تأسیس تا کنون
۲. مرکز تحقیقات مدلسازی در سلامت (تأسیس: ۱۳۸۹ شمسی)
مدیریت این مرکز از گذشته تا کنون بر عهده دکتر علی‌اکبر حقدوست (۱۳۹۲-۱۳۸۹)، دکتر محمدرضا بانشی (۱۳۹۷-۱۳۹۳) و دکتر یونس جهانی (۱۳۹۸ تا کنون) بوده‌است.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات مدلسازی در سلامت از بدو تأسیس تا کنون
۳.مرکز تحقیقات مدیریت ارائه خدمات سلامت (تأسیس: ۱۳۹۰ شمسی)
از بدو تأسیس تا کنون، مدیریت این مرکز بر عهده آقای دکتر محمدحسین مهرالحسنی (۱۳۹۸-۱۳۹۱) و آقای دکتر وحید یزدی‌فیض‌آبادی (۱۳۹۸ تا کنون) بوده‌است.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات مدیریت ارائه خدمات سلامت از بدو تأسیس تا کنون
۴.مرکز تحقیقات عوامل اجتماعی موثر بر سلامت (تأسیس: ۱۳۹۱ شمسی)
مدیریت این مرکز از گذشته تا کنون برعهده آقای دکتر حسین صافی‌زاده (۱۳۹۶-۱۳۹۱)، خانم دکتر فرزانه ذوالعلی (۱۳۹۸-۱۳۹۶)، آقای دکتر وحید برهانی‌نژاد(۱۴۰۰-۱۳۹۸) و آقای دکتر سیدوحید احمدی طباطبایی (۱۴۰۰ تا کنون) بوده‌است.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات عوامل اجتماعی موثر بر سلامت از بدو تأسیس تا کنون
۵. مرکز تحقیقات انفورماتیک پزشکی (تأسیس: ۱۳۹۱ شمسی)
مدیران این مرکز از ابتدا تا کنون را آقایان دکتر رضا خواجویی (۱۳۹۸-۱۳۹۱)، دکتر کامبیز بهاءالدینبیگی (۱۴۰۰-۱۳۹۸) و دکتر محمدمهدی قائمی (از ۱۴۰۰ تا کنون) برعهده داشته‌اند.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات انفورماتیک پزشکی از بدو تأسیس تا کنون
۶. مرکز تحقیقات آینده‌نگری و نوآوری در سلامت (تأسیس: ۱۳۹۸ شمسی)
مدیریت این مرکز از ابتدا تا کنون برعهده آقای دکتر رضا دهنویه بوده است.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات آینده‌نگری و نوآوری در سلامت از بدو تأسیس تا کنون
۷. مرکز تحقیقات سلامت در بلایا (تأسیس: ۱۳۹۹ شمسی)
مدیریت این مرکز از ابتدا تا کنون آقایان دکتر محمود نکویی‌مقدم (۱۳۹۹ – ۱۴۰۲)، دکتر حجت فرهمندنیا (از ۱۴۰۲ – تاکنون) برعهده داشته‌اند.
خط سیر تصدی مدیریت مرکز تحقیقات سلامت در بلایا از بدو تأسیس تا کنون
خلاصه عملکرد پژوهشکده
طی بیش از ۱۰ سال فعالیت رسمی این مجموعه، افتخارات ملی و بین‌المللی ارزشمندی حاصل شده‌است.
مرکز مدلسازی در سال ۱۳۹۴ در جشنواره رازی بالاترین مقام را در رتبه‌بندی وزارت بهداشت در بین مراکز تحقیقات هم‌طراز کسب نمود.
عنوان مرکز همکار سازمان بهداشت جهانی، استقرار دبیرخانه هماهنگی مراکز همکار سازمان بهداشت جهانی در کشور، تدوین ده‌ها سند ملی از جمله سند توسعه سلامت استان کرمان در سال ۱۳۸۹، تنظیم سند درمان کشور در سال ۱۳۹۵، تدوین داشبوردهای رصدخانه سلامت کشور در خصوص اقتصاد کلان سلامت، و نقشه آمایش بهداشت و درمان کشور به سفارش سازمان برنامه و بودجه کشور در سال ۱۳۹۷ نیز از دیگر افتخارات این مجموعه بوده‌است.
در زمینه علمی نیز رشد پژوهشکده خیره‌کننده بوده به شکلی که به سفارش دفتر سازمان بهداشت جهانی در سال ۱۳۹۶ رسما بازدیدی از مجموعه به عمل آمده و تجربیات آن به‌عنوان یک تجربه موفق بین‌المللی در سال ۲۰۱۸ به چاپ رسید.
نگارش صدها مقاله بسیار غنی ملی و بین‌المللی و کتب مرجع (کتاب مرجع برآورد گروه‌های پنهان به زبان انگلیسی با همکاری دانشگاه UCSF کشور آمریکا در سال ۱۴۰۰ و انتشار آن توسط اشپرینگل، نگارش کتاب بین‌الملی شهرهای آینده با همکاری شبکه آینده‌پژوهی آسیا اقیانوسیه در سال ۱۳۹۹ و نگارش کتاب مرجع مرورساختاریافته و متاآنالیز)، راه‌اندازی سامانه ناب (در سال ۱۳۹۶)، راه‌اندازی مجله بین‌المللی مدیریت و سیاست‌گذاری سلامت IJHPM (در سال ۱۳۹۲) و نمایه‌شدن این مجله در پایگاه‌های استناد علمی معتبر PubMed (در سال ۲۰۱۴)، web of science (در سال ۲۰۱۶) و Scopus (در سال ۲۰۱۷) و کسب بالاترین impact factor در بین کلیه مجلات منتشرشده در حوزه سلامت و پزشکی کشور در سال‌های ۱۳۹۹ به بعد، راه‌اندازی مجله انفورماتیک پزشکی (در سال ۱۳۹۳) تنها گوشه‌ای روند سریع تعالی پژوهشکده آینده‌پژوهی در سلامت می‌باشد.