فعالیت­‌های پژوهشکده آینده‌پژوهی در سلامت از اواسط دهه ۱۳۸۰ در دانشگاه علوم پزشکی آغاز شد؛ اما به تدریج با گسترده شدن کار و اضافه شدن مراکز تحقیقاتی جدید، این پژوهشکده در سال ۱۳۹۱ به‌عنوان اولین پژوهشکده در حوزه مطالعات نظام سلامت کشور، موفق به دریافت مجوز از شورای دانشگاه علوم پزشکی کرمان شد.